Вредно ли для seo большое количество страниц магазина?

На СЕО влияет качество страниц, а не их количество.
Количество страниц сайта на СЕО может оказать косвенное влияние:
больше страниц - больше потенциального трафика на сайт, что скажется на продвижении.

Адекватно работать будет магазин с таким количеством страниц на адекватном хостинге (это техническая сторона вопроса).
Хостинг (и его отдельные тарифы) выбирается исходя из размера сайта, его тех. характеристик и объема поступающего трафика (нагрузки на сайт).

Как думаете, тарифа с нагрузкой на процессор 13% CPU 288 cp хватит для такого магазина? Если больше ни чем не перегружать сайт.

все зависит от того каким образом сайт работает, если все страницы статические и нет например работы через api на них, тогда может выдержать. После добавления обход яндекса и гугла даст понять справляется ли сервер 

Сортировка товаров может работать медленно если слишком много товаров в категории