Комментарии на сайтах индексируются в яндексе?

Если выпить водки, это Вам не навредит?

Если иногда по праздникам в хорошей компании под интересную беседу в меру выпить хорошей дорогой водки, это будет на пользу.

Если пить не зная меры на одинокого или в разливайке со стремными алкашами дешевый палённый шмурдяк. Ничем хорошим это не закончится.

Примерно так и с комментариями. 

Ссылка закрыта nofollow, вы получите только переходы по ссылке людьми. Лучше оставлять полезные комментарии на сдл.

Для начала оцените технологию, с помощью которой на странице будут размещаться комменты. Если она не позволяет их индексировать, то вопрос отпадает, пишите, что хотите.
Если комменты будут индексироваться, то качественные комментарии по теме вытянут страницу. Говнокомменты могут утопить.

А можно поделится по каким критериям Вашем понимании хороший комментарий и какой гавно комментарий? Количество слов и безанкорная ссылка? И сколько вы считаете минимум должно быть слов? 

Например, комментарий который помогает решить вопрос или дополняет статью. А ссылка должна продолжать и помогать пользователю и вызывать желание перейти по ней. Тогда все гуд будет. Хотя даже это не гарантирует, что модератор тупо не удалит ссылку, а комментарий оставит (и такие встречались).