А вы закрываете счетчики от интексации, помогает?

Да.Помогает

Продаже ссылок точно не помогает, ибо покупающие не очень проверяют закрытость счетчика. Их больше интересует индексируемость страниц.
Но я все равно закрываю, потому что так делаю уже давно и делаю это по привычке.

Не закрываю. ПС различают счетчики.

Партнерская программа с оплатой за конкретное действие пользователя.
Вы можете выбрать из множества рекламных предложений наиболее выгодное для вашего вида трафика.

Лучше перестраховаться и закрыть.

Видел, что переделывают счетчики из ссылки в обычную картинку. Как это делается?

А какой смысл прятать счетчики от ПС ?
Их прячут от бирж, чтобы меньше внешних ссылок учитывалось.
И, да, спрятать их не проблема - с rel="nofollow". сейчас не катит