Как сделать так что бы такого не было в индексации в вебмастер?

при переходе нет ошибки 404, хотя страница есть и прописана.

Если даже и попадет ЭТО в индекс люди его некогда не увидят. Не парьтесь.

ну в любом случае, так не должно быть, у меня эта chistka.html ссылается на все страницы почему то.

Или у меня одного оно так выглядит? http://prntscr.com/hp5jwk

ну сайт я изменил, у меня не site.ru

http://joxi.ru/MAjRvLpS4eZypA при переходе открывается страница чистки но без css и т.д.

Скорее всего это глюк конструктора. В настройках поковыряться надо. На каком конструкторе делаете?

весь сайт на html движка нет

Покажите свой сайт.

Вы переходите по ссылке и браузер "ругается" - происходит это по причине того, что ресурс на который происходит переход находится в списке "опасных" у поисковиков Google или Yandex (в зависимости от того, каким браузером Вы пользуетесь - если Chrome, значит браузер запрашивает у сервера Google информацию о надежности ресурса, куда Вы хотите перейти).

ругается из-за кривой настройки ssl сертификата...