Мультиязычный сайт. 2й язык воспринят плагиатом. Почему?

Такого не может быть. Сайты на разных языках уже по определению разные. Скорее всего домен который помечен как плагиат, засветился по причине воровства контента с других сайтов. Проверьте тексты на уникальность - увидите первоисточники.

Вопрос задан некорректно.

Мы имеем дело либо:
- Мультиязычный сайт (один)
- Два сайта (два доменных имени) одинакового содержания с переводом от google-переводчик.

В заголовке темы - "мвльтиязычный сайт" (один сайт), в описании вопроса - "домен на 2-м языке" - подразумевает наличие - 2-х РАЗНЫХ сайтов (по-видимому - в разных доменных зонах).

Так один сайт или два?

Есть site.ru и en.site.ru второй домен google заподозрил в плагиате. И теперь нужно как то грамотно объяснить google что это тот же сайт только на другом языке.

Домен третьего уровня...
В принципе, подход не совсем правильный (я бы сказал - совсем не правильный). Домены 3-го уровня в выдаче - не конкуренты "вторым".

- Если всё оставить "как есть", то стоит "закрыть" индексацию сайта en.site.ru в robots.txt (напрочь, Disallow: /) и "не париться", поскольку страницы третьего уровня домена всё равно не попадут в ТОП, а вредить "головному" сайту - будут.
- Перенести контент (импортный) на основной сайт, как обычно, с адресами: site.ru/en/

Если контент важен и запланирован как - "претендент" на ТОП в выдаче по "импортным" ключам.
В этом случае, естественно, придется разбираться в причинах "негатива" от google.
Но: сначала стоит перенести контет на один сайт.

И понять способ перевода. Если это google переводчик, то, вполне вероятно поисковик "налету" отожествляет языковую идентичность и "метит" копипаст. В рамках одного сайта - это будт дубли (тоже нехорошо), в рамках двух сайтов (как сейчас) - плагиат. Похоже... google уже наплевать на язык контента (предположение).

В принципе, это теория. Я делал переводы страниц на мультиязычные сайты, в "плагиате" не отмечен. Но примеров личных мало (пара штук), для достоверной оценки маловато. Лучше, конечно, пригласить переводчика, но... понятно.

Убедить Google - дело "дохлое", если реально он решил "совместить" все языки, в хроме (собстно) есть переводчик сайта онлайн. Возможно, этот случай - пример ненужности механически-мультиязычных сайтов?..

А можно и послать запрос в суппорт гугла, "за спрос - денег не берут". Возможно, это правильней всего.