У многих такая проблема наблюдается с февраля, причины не известны, может эксперименты с алгоритмами, может еще что, запросы тупо улетели с 1-5 мест в 30-50. Смотрите в Гугл ВМ, "Меры принятые в ручную" как с www так и без него. Если нету нечего, то остается только гадать, снимайте рекламу с шапки если есть, оптимизируйте код, и т.д.
Вряд ли хорошие ссылки повлияли на снижение позиций. Да и реклама Гугла тут, пожалуй, не причем (скорее трафик с Яндекса бы понизился). Я тоже прикупил пару ссылок на просевшие запросы - теперь жду "ответных действий" от Гугла...
Если нету нечего, то остается только гадать, снимайте рекламу с шапки если есть, оптимизируйте код, и т.д.