В поиске осталась только главная!

1 скорее всего нет, второе есть такая вероятность, поиски не любят особенно облако тегов, может дела в контенте? а точнее в его уникальности?

все вернется! такое бывает, когда сайт новый!

Спамная херня в футере, это дубль текста на каждой странице, нафик. Текст из хедера - нафик, оставить только на главной (а он, как и текст в футере, на каждой странице). Календарь - нафик, их никто не юзает, а дубли страниц делает. Теги - в ноуиндекс/нофоллоу все.
О, и под каждой статьей умудрился один и тот же текст (Наш ресурс поможет Вам разобраться в огромном мире вирусов, платных и бесплатных антивирусных) - чувак, это все дубли, нафик убирай.

Тексты лучше оставить, но заточить под ключевые запроси и все тексти должны быть разние, можно даже анкори проставить на статьи из блога. Если сайт в сапе то теги лучше оставить, ето увеличивает количество страниц в индексе. Но если хочеш имет много трафика то их лучше убрать, вдеь на них переходит вес страниц, его лучше направить на другие страницы.

Сайту хана...нах тебе теги, дурик? Хоть бы закрыл их в роботсе...

А почему теги? текст везде уник...

Теги это типа текстовый спам (или как там его) для поисковиков, они их не любят.

Это вы были во временной базе Яндекса. Ожидайте, в течение недели-двух окончательно войдет. Тэгов убавьте пока.

Да не преживайте вы так, раз контент нормальный. Влетит обратно при следующем апе.
Это нормальная практика.
Для нового сайта первые 2-3 апа - это вообще не показатель. Все может быть очень переменчиво.

Я в себя на сайтах вообще теги поудалял, только оставил на тех что в сапе

Возможно временное явление и всё вернется. А возможно АГС. Через пару апов выдачи будет ясно.
Тэги можно закрыть от индексации, но не факт, что проблемы из-за этого. Скорее из-за того, что у вас ГС.

Не раз еще в первые два месяца страницы в индексе будут колбаситься. Вы что хотели, чтобы ему в первые две недели премию рунета дали?

У меня похожая ситуация пару месяцев назад была. Молодой сайт, только попал в индекс и сразу вылетел. Отписал платонам, сказали, что сайт слишком молодой и контента мало. Как только появится достаточное количество интересного контента фильтр снимется автоматом.