Если у меня домен ru и будут пару статей на En то

Конечно, такие страницы пойдут в индекс. Просто допустим, что на этих стр. оферта для иностранных партнеров... Ну и почему гугл должен их игнорировать?

Да

Думаю, что будут. У меня сайт на домене третьего уровня в зоне .com и текст исключительно русский. Кроме нескольких названий программ и английских терминов. И то иностранцы заходят.

домен RU имеет географическую предопределенность гуглом (Россия).
Статьи на английском попадут в индекс яндекса и гугла, но в google.com американцы их не найдут.

Так что если цель - пользователи штатов (google.com) то открывайте сайт на доменах *.com *.net *.org *.biz их можно привязать к любому региону