Сильно просели позиции сайта в яндексе

ищи еще причину. смена ssl сертификата не может привести к падению.

Если сайт был недоступен из-за этого и в этот момент зашел робот, то это может быть проблемой и скорее всего ей и является.

Согласен. Но тут скорей хотели ссылку засветить нежели найти решение. Ну не ищет человек решение своей проблемы таким образом.

Просто больше глобальных изменений на сайте ни каких не делалось и вот по этому не знаю что описывать ещё, с начала года из индекса выпало много дублей т.к. из-за особенностей движка один и тот же товар добавлялся в разные категории, прописали canonical и из индекса Яндекса постепенно стали выпадать страницы и в итоге 28000 страниц были удалены как не канонические, но после апдейта Яндекса в июле некоторые неканонические страницы начали попадать обратно в индекс сейчас в индексе Яндекса 8300 страниц

Кстати, заметил эту штуку. В июле несколько неканонических страниц пагинации проиндексировались. Теперь одни выпадают, а другие такие же индексируются.

чем больше перечислишь изменений сделанных глобально тем качественнее получишь ответ. могу аудит сделать но не за так! если интересно в личку