Древние ссылки с сайта видны до сих пор не смотря на их отсутствие.

Через вебмастер удалить с индексации.

Страницы? Так их нет уже давно,там 404 высвечивается. А ссылки с них "живут".

Связаться с админами этих "систем аналитики" и запросить повторную индексацию спорных страниц.

Страницы были удалены сразу псле заражения и на данный момент на сайте их нет. Индексацию чего запрашивать в таком случае?

Продажа ссылок с бирж (не статей заказных со ссылками, а именнно - ссылок) - это "сайту капут"... вообще-то. И тоже - достаточно давно, со времен АГС. По решению Яндекс и Google :)

Биржи (многие) достаточно долго хранят "историю сайта". Уж лет пять не продаю ссылки, а биржи статейные (например webartex) - по прежнему отвечает: заявка отклонена по причине участия сайта в ilinkfeed/sapa. Ничто на земле не проходит бесследно. Тем паче - в Интернет. "Системы аналитики" бирж - могут хранить статистику "вечно", если такова их политика (не лишенная оснований). И ничего с этим не сделать. Подождать еще лет пять :) Или - сменить доменное имя.
Иногда удается "пропихнуть" ту или иную площадку в процессе "ручной модерации", но это скорее - исключение, чем правило.

Как раз статейные хочу продавать, даже модерацю прошёл, но стоит значок повышенной ссылочности. Хотя реальные внешние ссылки там все закрыты в nofollow и т.д.

Проверьте реальность nofollow. Лучше бы внешние ссылки сменить на внутренние. Например, в joomla - есть скрипт (компонент) "ссылки", который это реализуют (в любом cms есть аналог). "Комментирование" <!--noindex--> и nofollow - игнорируются нередко (часто) поисковыми системами (и прочими пауками). А плагины seo - вообще их "режут".
Для биржи - стоит "побороть" ссылки. Тем паче - модерацию прошли.

Друзья вы не поверите, но буквально сейчас зашёл на биржу и показатель обновился и биржа больше не считает мой сайт имеющим "повышенную ссылочность". Всем спасибо! Удачных выходных!