Htaccess - периодически исчезают строки с 301 редиректом

Как вариант, какой-то плагин его перезаписывает. Это может быть плагин защиты и т.д.
Если у вас WP (повангую), посмотрите, чтобы у вас были эти строки: # BEGIN WordPress и # END WordPress либо измените права доступа к файлу на более жесткие.

RewriteCond %{HTTPS} off
RewriteCond %{HTTP:X-Forwarded-Proto} !https
RewriteRule ^(.*)$ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [L,R=301]

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress