Старые дубли страниц на новом сайте. Как такое может быть?

Здравствуйте.
Помогите разобраться, как я думаю - в проблеме.

Был старый сайт. СМС Джумла.
Проиндексированных страниц было около сорока. И было много дублей страниц, на некоторые страницы было по два – три дубля.

Решили сделать новый сайт на этом же домене. Добавили дополнительный функционал. Со старого сайта взяли 20 страниц и сделали переадресацию, со старых адресов на новые страницы с этим же контентом. Добавили еще несколько новых страниц.

Вместо старого сайта, установили новый (с тем же доменом). При переходе из Яндекс Вебмастера со старых проиндексированых адресов сайта, - с дублей страниц. Попадаем на новый сайт, на вновь созданную страницу - имеющую свой URL адрес, а открывается она с адресом дубля старой страницы.

Вопрос.

Как такое может быть? Почему так происходит, если старого сайта нет, значит и дублей не должно быть?  И если это проблема, что можно сделать?
Работы заказывал, сам только учусь.