Как сделать вывод категорий в fullstory dle именно по айди?

Если я вас правильно понял, то вам нужно это:
{custom category="2,3,5-8" template="fullstory" cache="yes"}

например Новость закреплена в 4-ёх категориях, а нужно, чтобы в полной новости отображалось только первых 3 категории?

сейчас вывожу через {link-category}, он выводит все категории, а нужно, чтоб выводило 3 первых категории.

Создать файл engine/mods/categories.php
<?php
if( !defined('DATALIFEENGINE')) {
die( "Hacking attempt!" );
}
global $row;
$list = explode(',', $row['category']);
$list = array_slice($list, 0, 3);
$echo = array();
foreach ($list as $element ) {
$echo[] = "<a href=\"" . $config['http_home_url'] . get_url( $element ) . "/\">{$cat_info[$element]['name']}</a>";
}
echo join(', ', $echo);

В шаблоне подключать:

{include file="engine/mods/categories.php"}

Должно сработать.

поддерживаю, должно сработать

[catlist=9]{category}[/catlist] выведет только 9 категорию.
в полной новости вы можете вывести путём движка или категории под которыми эта новость закреплена или все категории.
в шаблоне также можно определить что показывать из какой категории.
остальное делается только переделкой самого движка (МОДУЛИ)