Вопрос о сайте. 200 000 страниц без контента. Чего ожидать?

Не фильтра, а санкций. Фильтры всегда применяются к любому сайту, иначе в поисковиках не было бы смысла.
Не совсем понятно. У вас создано 200000 страниц без контента? Зачем?
Санкций может и не будет, но поисковики воспримут эти страницы как бесполезные, просто откажутся их обходить и индексировать, и в будущем, когда на них появится контент (если появится) может получиться так, что переиндексации придётся ждать очень долго. Проще будет новые страницы создавать.

Такова структура сайта я не создавал они сами создаются при создании категории товара.

На мой взгляд в индекс они не войдут, робот должен высосать вместе с дублями более миллиона страниц...переварит и всё выкинет как мусорные, оставив лишь те, которые с уникальным контентом.

Но про фильтр я не понял, из-за чего боитесь поймать? Это же обычные некачественные страницы, которые не войдут в поиск...

Настройке так, чтобы страницы без объявлений стоял в метаданных noindex, а на страницах где есть объявления index

Так и есть где нет контента noindex, nofolow, где есть на оборот, но открытых очень мало и выходит что сайт маленький, вот и думал открывать или нет...

200 К - категорий :) прикольно.
Пока нет контента - "прикройте" этот "срам" от греха - в robots.txt Причины обозначили товарищи (выше).

Странный проект. Решили avito - "переплюнуть"? Ню-ню. Любопытно будет глянуть через годик-три.
И на каком же cms озвучили эдакое "безобразие"? Под мега-доск - vps понадобится, и не "хилый" (если предположить, что "стрельнет"). "Доска" штука занятная, но хлопотная.

И команда у вас имеется?.. Обожаю гигантизм с энтузиазмом "наголо". Жалко, быстро лечится реализмом.