Значительная часть страниц сайта не содержит мета-тег. Как исправить?

Приведите ссылку сайт хотя бы...

Если это WP, то можно сделать используя плагин Yoast SEO.

Специально ведь написал
"Внимание: он определяет директории (подпапки), как страницы." - и даже жирным выделил :) Причём здесь плагин для страниц? Трабла в директории, а не в странице. Страниц там вообще нет - только набор файлов.

Адрес не вижу смысла публиковать. Во-первых - это дыра. Во-вторых, если проблема неизвестна вообще, т.е. в принципе - ну адрес, ну незакрытая директория на сервере. Это ничего не даст. Но спасибо за попытку.

Если он решил проиндексировать файлопомойку в незакрытой папке, а потом ругается, что в не

Если он решил проиндексировать файлопомойку в незакрытой папке, а потом ругается, что в нет дескрипшина, максимум, что тут можно сделать - либо закрыть папку, либо закрыть ее в роботсе.

Это первое, что пришло на ум :)
Но как выяснилось - у людей там картинки лежат - графика для сайта.
Совсем закрыть - "не канает". А закрытие индексации может сократить трафик и не решит проблемы попадания туда посторонних.