Склеиваится index.html и сама директория - поменять через .htaccess ?

Точно все директивы прописали(RewriteEngine On). Включен ли модуль rewrite?

Да, он включен в начайле файла и работает на другие функции, или его каждый раз надо включать?

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.atomesp\.com [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://atomesp.com/$1 [L,R=301]
ErrorDocument 404 http://atomesp.com/404.php
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9} /([^/]+/)*(default|index|main).(html|php|htm) HTTP/ [NC]
RewriteRule ^(([^/]+/)*)(default|main|index).(html|php|htm)$ http://atomesp.com/$1 [L,R=301]

Не уверен что поможет, но стоит еще 404 переместить в конец чтобы не смешивалось. Попробуйте обратиться к хостеру - у меня были похожие проблемы и не все варианты редиректов работали, а причиной была настройка сервера или его ПО. Покажите хостеру ваш вариант и объясните что он валит сервак - может они подскажут.

я спросила хост, они говорят что кодом должен заниматься девелопер (developer) и не могут помочь как я их не просила... попробую поменять местами

поменяла, так тоже не работает...

а как грамотно пожаловаться хосту, чтобы они уже не отсылали?

хост говорит что вот в этой линии ошибка, но они не знают какая:
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9} /([^/]+/)*(default|index|main).(html|php|htm) HTTP/ [NC]

Значит проблема была в коде - я в таких регулярных на глаз разбираться не умею. Пишет что неверные разделители флагов. Копируйте код из интернета с осторожностью.

хост:
This is the error that line is causing, straight from Apache:
RewriteCond: bad flag delimiters
[Jeremy R.] There amy be a space in it that shouldn't be, or one slight character off, but the string is not valid.

нашла в интернете другой код, и он заработал:

RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /.*index\.html?\ HTTP/
RewriteRule ^(.*)index\.html?$ http://atomesp.com/$1 [R=301,L]