Индексация внутренних ссылок. Нужно ли их закрывать?

Вообще нет, при нормальных условиях. Желательно закрывать только те, которые ссылаются сами на себя.
Но, всё индивидуально, в зависимости от приоритетов вебмастера и уровня его извращённости.

Стоит запретить в roots.txt такие страницы как поиск, вход и регистрация пользователя и также профиля пользователей, если они не несут никакой важной нагрузки. nofollow на внутряках лучше не ставить.

ВОпрос не про индексирование страниц, а про передачу "веса" страницам неиндексированным.
Совсем другой вопрос.

Однако, действительно, для "извращенцев" seo.
Стартоперу: посмотрите в google, там толпа размышлений и даже "аналитических примеров" по теме. Хотя... "приблуда" всё это. Лучшее - написать десяток статей, чем тратить время на подобные "изыски" и "закрыть" пару внутренних ссылок (что не так и просто стало. Да и незачем, имхо.)