Ссылки. Мог ли Яндекс их не увидать?

Некоторые ссылки могут появиться через месяц-два-полгода. Возможно, что часть из них закрыта от индексации или они отвалились. Также Яша может часть ссылок просто не учитывать.

Про каталоги сразу забудьте и надо знать сколько по форумам был прогон
Так понимаю вы ТИЦ ждали, возможно их мало но думается что они просто не успели индексироваться, при условии что вы прогон заказывали а не сами по ноиндекс гоняли )

Сам прогонял вручную

Так быстро (2-3 недели) ссылки ни на что не повлияют. Ждите эффект от 2 месяцев до года. При условии, что Яндекс еще проиндексирует эти страницы.

Ну про год вы загнули, а ссылки с профилей в течении 2 месяцев практически все появятся, да и то если им не помогать, а если помогать, то быстрее ну и больше в индекс войдут