Как доказать Яндексу, что наш сайт не является сайтом другой компании?

* причем именно на тех позициях, а наш сайт за топ 100.

Ой беда-беда. Это максимум, что можно ответить на эти причитания.
А информация какая-то будет к этому посту?

Для особо одаренных поясняю, можно-ли официально доказать (предоставить учредительные документы компании) ЯНдексу, что сайт А не принадлежит сайту В?
Какая информация еще необходима?

Особо одарённые не указали в вопросе ни про документы, ни о том, что хотят подтвердить отправкой документов.
Про документальное подтверждение спрашивать нужно у Яндекса.
Для того, чтобы подумать над другими вариантами решения проблем, нужно видеть ссылки на два этих сайта.
Пока разговор сводится к причитанию: ой, мы под фильтром. Ой, нам в ущерб. Ой, выгоды никому! И больше ничего. Учитесь задавать вопрос конкретно, а не описывать ситуацию в общих чертах. Тогда и разговор пойдёт, и решение найдётся.

Как завалить сайт конкурента и занять его место в выдаче Почитай внимательно.

Почитал, ничего полезного не нашел. Нашему сайту 1 год, сайту конкурента 5 лет. В итогах наш сайт был на 58 месте, а конкурента на 20. Теперь сайт конкурента на 58, а наш на 110.
Вот так вот. И аналогично по всем СК запросам. Думаю 100%, что это аффилиат фильтр. Но сделан он в ущерб нам, и конкуренту. При этом его или нашей вины здесь нет. Выгоды тоже нет. Вот так вот.