Главное зеркало _всегда указывается как в robots.txt так и в панелях Яндекс и Гугла. Более того везде настраиваются 301 редиректы на него. с www на с зеркало, если подключен SSL обязательно ставится редирект на https зеркала. делается это в самом начале со всех доменов, что завязаны на директории сайта, если таковые есть.