Сайту уже 1.4 года, есть страницы с <meta name="robots" content="noindex,nofollow" />, они никогда не попадали в индекс, а сейчас все в индексе. Что за дела?
Не могу сказать почему это произошло, насколько знаю тег используется для ссылок или блоков текста, а не для всей страницы целиком. Страницы закрываются в robots.txt
Может изменили алгоритм. Слеш в конце мета тега применялся на HTML4, может яндекс что то поправил, и из за слеша игнорит этот тег. Для начала идите в ЯВМ, и забивайте адрес на доступность. Дальше трясите платонов, пускай дадут разъяснение.