Как удалить страницу с https из индекса?

А через инструмент "удаление URL" в старом вэбмастере не дает?

Нет оснований для удаления. Сервер не возвращает код 404, индексирование не запрещено ни в robots.txt, ни метатегом noindex

Можно подождать смены зеркала. В поиске участвует только главное.

Я так понимаю что по мнению яндекса это 2 разных сайта и склеивать он их не будет, так как содержимое этих страниц разные (на http собственно сам сайт, а на https только надпись Index of) иначе бы за 5 лет точно бы уже подклеил.

запрети на хостинге этот протокол и удали через вебмастер

Можно по конкретнее, где в ISP Manager можно запретить этот протокол?

У вас на сервере должна быть папка httpsdocs.
Вот в ней создаёте файлик robots.txt и пишите в нём следующее: User-agent: *
Disallow: /

И ждёте переиндексации...

Чет не нашел я у себя такой папки. Есть только такая /etc/httpd/

В директории /etc/ у вас какие папки?

Смотрите кстати настройки NS на сервере, возможно и там можно отключить отклик домена по https

В настройках NS ничего нет связанного с https
Папки из директории /etc/
ConsoleKit
NetworkManager
X11
abrt
acpi
alsa
alternatives
apt
audisp
audit
awstats
bash_completion.d
blkid
chkconfig.d
cron.d
cron.daily
cron.hourly
cron.monthly
cron.weekly
dbus-1
default
depmod.d
dhcp
dovecot
dracut.conf.d
event.d
gcrypt
gnupg
hal
httpd
init
iproute2
kdump-adv-conf
ld.so.conf.d
libreport
logrotate.d
lvm
mail
makedev.d
modprobe.d
named
ntp
openldap
pam.d
pcmcia
pear
php
php.d
pkcs11
pki
plymouth
pm
polkit-1
popt.d
portreserve
postfix
ppp
prelink.conf.d
profile.d
rar
rc.d
rpm
rsyslog.d
rwtab.d
sasl2
scl
security
selinux
setuptool.d
skel
smart
squirrelmail
ssh
ssl
statetab.d
sudoers.d
sysconfig
terminfo
udev
xdg
xinetd.d
yum
yum.repos.d

Эээ, мне кажется вы не там ищите. сайт в какой папке лежит?

Это явно ниже уровнем должно быть. Посмотрите через файловый менеджер

/www/site.ru/