Как найти все внешние ссылки на сайте?

Не ручаюсь за 100% верность и тем паче - за эргономичность, но я бы сделал так:
делаешь полный архив сайта, скачиваешь его на ПК и находишь директорию, хранящую в текстовом виде содержимое сайта(к примеру, у меня это каталог _s1). Входишь в него и задаешь поиск "все файлы" с содержимым http://
В популярном Total Commander это будет ALT+F7, маска *.* (все файлы) а в графу "С текстом" вводите hhtp://.
Потом жмете ENTER и спокойно пьете кофе. Остановится - проверяйте ссылку. Если она внешняя - проксируйте или ставьте по "nofollow"

если сайт взломан, то ссылки могу быть и в компонентах сайта, плюс они могут быть зашифрованы, в общем твой метод не дает никаких гарантий...

Nest, какой Вы умный!
Поиск остановится на http(s):// и это начало не будет зашифровано! Это дальше пойдут "кракозябры". Дальше самому юзеру нужно включать мозги и смотреть что он писал там. Если ссылка "левая", то чистить. Если его собственная, то проще проксировать вручную.

ссылку бы на сайт кинули хотя бы...

http://nemo.by/

Еще одна странная тенденция, до редизайна (до 25.05.2016) аналитикс показывал 400-700 сеансов, а a.pr-cy.ru оценку сайта меньше 60%. Сейчас когда оценка 80%, увеличилось кол-во открываемых страниц и продолжительность сеанса, посещаемость сайта упала до 200 сеансов и продолжает падать... Что то пошло не так :)