В Яндексе это нормальная тема. У меня у нескольких сайтов постоянно фавиконки то пропадают, то сами появляются. Саппорт пишет, что у меня с ними всё нормально и они скоро должны появиться, как-будто я их только что добавил и они ещё никогда Яндексом не отображались.
Только сегодня написал статью. Рекомендации о том какой должна быть фавиконка по мнению Яндекса http://alexbrush.com/favikon-dlya-sajta-kak-sdelat-idealnyj.html
Фавиконки исчезают, когда Яндекс накладывает фильтр и временно выкидывает из индекса. Не переживайте - фильтр снимут - фавиконки появятся - позиции вернутся. Правда, на это понадобится пару месяцев.