Аффиляты и запросы под них

Если тематика не очень конкурентная, то можно. Наблюдал такое годами в топе.
Есть вероятность, что конкуренты сдадут "с потрохами".

На сколько критично?

1. Держать сайты на одном аккаунте Яндекс
2. Делать изменения по регионам, регистру имени практически одновременно

собрать то можно, а смысл ? бюджет увеличится в 3 раза и времени уделять им соответственно нужно больше.... если сайты продают товары/услуги имеет смысл делать сайты 3 уровня на досках - конструкторах (тиу, близко и т.п / их много) под НЧ региональные - оттуда и клиенты будут и реклама дополнительная.

По какому принципу тогда собирать запросы для этих трех сайтов?

Тематика предположим "Аренда авто".

у меня есть аффилиаты (разнесены по городам) тексты соответственно разные при одном ядре, хостинг один, зареганы на меня - сайтам не один год, в яндексе разнёс на разные аккаунты и не очкую особо, т.к. юзабилити абсолютно разные

что значит делать изменения по регионам ? регионы на поддоменах или как ?

Менять регион с "Москва и область" на "Москва".

Нет, каждый на своем отдельном домене сайт.

1) а смысл менять МО на МСК ? там в пределах 50 км от мкада (а то и больше))) все себя мАсквичами считают

2) чем сбор СЯ "аренда авто" отличается от других. с адалтом я бы ещё помучился, а тут какие проблемы быть могут ???

https://wordstat.yandex.ru/#!/?words=%D0%B0%D1%80%D0%B5%D0%BD%D0%B4%D0%B0%20%D0%B0%D0%B2%D1%82%D0%BE

Ранжирование лучше в "Москва" чем в "Москва и Область"

да, возможно. за ранжирование клиенты денег только не платят, т.к. не знают слов таких. вы же не ссылками барыжите - нужно со стороны бизнеса смотреть