Так то эти файлы пользы не приносят: за исключением корневой директории. Никто на них никогда внимания не обращает. Они играют свои функции: на которые никто никогда на них и не обращает внимания.
Эти файлы и папки и есть куда нужно установить вордпресс. Все файлы из вордпресса ставят и кидают скорее всего в public_html; либо в папку domains. В других папках вордпресс работать не будет; эти папки и файлы это и есть конфигурация сервера.