Поддомен

Как отдельный, но при фильтрах пострадает и основной.

а как-же с поддоменами сайта UCOZ.RU?
Основной тоже страдает?

не обязательно. по-моему тут зависит от того, на каком сервере расположен поддомен

Сравнили хрен с пальцем у укоза (народ и т.д) траст и ему уже пофиг, сделайте белый и пушистый сдл-ный сайт, чтоб не придраться. А когда будете уверены, что тоже уже крутяк - залейте на поддомены скажем дорвеи, или еще чего, что правила бессовестным очень способом нарушает, и посмотрите на не заставивший долгого ожидания плачевный результат.

Канешь если на поддоменах размещаются хорошие и информативные, и полезные не роботам, а обычным грешным людям сайты - это в итоге будет очень даже благотворно сказываться, в том числе и на основном сайте, что в принципе так и есть.

Но если уж очень необходимо и надо, может быть лучше будет не поддомен, а в папку сайт отдельный сунуть? (быстро индексируется + какой-то траст сказывается)

Поддомены можно считать разными сайтами