Летают страницы в яндексе

Это щас нормально уже))))

Успокойся, все норм ) у моих сайтов тоже самое творится.

Ну, во первых, это для яши нормальное явление...
во вторых, яша выдает от результатов поиска, смотрите есть страницы просканированные (если в яше на вебмастеры подключены, то можете это увидеть), и есть страницы выданные в индексацию.
если какой материал с сайта не ищут на данное время, то он вылетает из индексации, потом если кто ищет вдруг он возвращается

Простой пример, у меня есть портал на школьную тематику, во время учебного года в индексе свыше 6 тыс. страниц, во время каникул, особенно летом, падает до 2 тыс., и это уже повторяется не первый год

это не глюк, это апы согласно позиции твоих проиндексированных страниц в поисковике.
вообще чтобы понять принцип работы яши нужно его тех часть читать. заходишь в яндекс вебмастер и пошел изучать в чем приколы поисковика и что под него оптимизировать. Это целая спец направленность СЕО. Так что бывает что спецы тебе ничего не скажут, так только поулыбаются, или если на верном пути запутают.
думай,смотри,читай сам,и все будет норм.

гугл изредка тоже штормит не так масштабно и не так долго