Сервер лежал 2 часа, потерял топ позиции в яше.

Как только ЯША поймет, что все ок и ему показалось)

ну главное чтоб он понял. 

При условии, что проблема действительно в недоступности страниц была

Да так и было 

Часть вернулась позиции. Но не все. 

было такое, всё вернулось на места через 2-3 дня

Ну хорошо. А то сайт мой кормилец - единственное что сейчас приносит деньги 

Че за сайт. интересно глянуть

Это еще что. У меня тут недавно была ситуация, что Яше показалось, что сайт недоступен (якобы не ответил роботу во время обхода), а именно это был поддомен. Так, гениальный алгоритм решил, что нужно сделать основным сайт с www, а правильную версию - неглавным зеркалом. При этом в силу архитектуры сайта на www.поддомен невозможно поставить SSL. Поэтому при заходе на него выдавалась табличка о неблагонадежном сайте.
Благо, оперативно заметил и под корень обрезал возможность зайти на сайт с www, жестко средиректил на версию без www. Вот такой он, наш Яша.