Учитываются ли яндексом перемещения по неиндексируемым страницам?

Зачем индексировать мусор? Естественно, закрываем оный в robots.txt Учитывается. Ссыль на мусор — это мусор. В чем вопрос то...

на странице приложение. По факту индексировать нечего, но это точно не мусор, так как ради него пользователи на сайт и заходят

и вопрос не об индексации, а о том, снимаются ли поведенческие с неиндексируемых страниц.

Давайте конкретно. Не понимаю я иносказательности и полунамеков.
Страница Корзина (например) — мусор. Хотя ради нее на сайт и идут. А с точки зрения ПС — страница не имеет никакого значения, нет контента на ней, кроме дубликата торговой карточки.
Какая от нее польза (в индексе), кроме вреда? Не нужна посетителю Корзина (это — просто кнопка сервиса), а нужен: контент.
Может я что-то не понимаю.
С не индексируемых страниц — ничего не «снимается». Их нет для поисковых систем. Кому «снимать»?

sansan, что тут непонятно?
Человек закрыл какие-то страницы от индексации, но поставил на них метрику. И теперь интересуется: будет ли иметь влияние поведение посетителей на этих страницах на позиции в выдаче?

Если посетители проводят много времени то вы получаете прирост ПФ.
Поисковику тоже нет разницы есть ли там контент или его нет. если людям это интересно и они проводят там много времени то он видит пользу. 
А в остальном почитайте рекомендации самих ПС, там достаточно информации, чтобы определиться.
Тесты никто не отменял. Попробуйте по разному и поймете как правильно