Изменение url c пути к файля на красивое название без дубля.

Если редирект настроен правильно то первая ссылка с выдачи вылетит и передаст весь вес второй, дождитесь апдейтов. А удалять ничего точно не нужно, только навредит.

То есть просто оставить все это и ждать пока станицы с путем пропадут из яндекса и гугла?
На Яндекс Директ это будет влиять?
Проиндексировались страницы и те и те.

RewriteRule ^blog$ /index.php/blog/blog? [L]
RewriteRule ^blog/$ /index.php/blog/blog? [L]
RewriteRule ^shkafy_na_zakaz/item_1/([0-9]+)$ /index.php/project/item_1?id=$1 [L]
RewriteRule ^shkafy_na_zakaz/item_1/([0-9]+)/$ /index.php/project/item_1?id=$1 [L]
RewriteRule ^kukhni_na_zakaz/item_2/([0-9]+)$ /index.php/project/item_2?id=$1 [L]
RewriteRule ^kukhni_na_zakaz/item_2/([0-9]+)/$ /index.php/project/item_2?id=$1 [L]
RewriteRule ^garderobnyye_na_zakaz/item_3/([0-9]+)$ /index.php/project/item_3?id=$1 [L]
RewriteRule ^garderobnyye_na_zakaz/item_3/([0-9]+)/$ /index.php/project/item_3?id=$1 [L]
RewriteRule ^3d_risunok_chpu_na_zakaz/item_4/([0-9]+)$ /index.php/project/item_4?id=$1 [L]
RewriteRule ^3d_risunok_chpu_na_zakaz/item_4/([0-9]+)/$ /index.php/project/item_4?id=$1 [L]
RewriteRule ^komody_na_zakaz/item_5/([0-9]+)$ /index.php/project/item_5?id=$1 [L]
RewriteRule ^komody_na_zakaz/item_5/([0-9]+)/$ /index.php/project/item_5?id=$1 [L]
RewriteRule ^stoly_na_zakaz/item_6/([0-9]+)$ /index.php/project/item_6?id=$1 [L]
RewriteRule ^stoly_na_zakaz/item_6/([0-9]+)/$ /index.php/project/item_6?id=$1 [L]
RewriteRule ^blog/article/([0-9]+)$ /index.php/blog/article?id=$1 [L]
RewriteRule ^blog/article/([0-9]+)/$ /index.php/blog/article?id=$1 [L]
RewriteRule ^katalog/$ /index.php/project/сategory? [L]
RewriteRule ^katalog$ /index.php/project/сategory? [L]
RewriteRule ^category/(.+)$ avva.pro/index.php/project/сategory/$1 [R=301,L]
RewriteRule ^shkafy_na_zakaz$ /index.php/project/cupboard? [L]
RewriteRule ^shkafy_na_zakaz/$ /index.php/project/cupboard? [L]
RewriteRule ^kukhni_na_zakaz$ /index.php/project/kitchen? [L]
RewriteRule ^kukhni_na_zakaz/$ /index.php/project/kitchen? [L]
RewriteRule ^garderobnyye_na_zakaz$ /index.php/project/wardrobe? [L]
RewriteRule ^garderobnyye_na_zakaz/$ /index.php/project/wardrobe? [L]
RewriteRule ^stoly_na_zakaz$ /index.php/project/table? [L]
RewriteRule ^stoly_na_zakaz/$ /index.php/project/table? [L]
RewriteRule ^komody_na_zakaz$ /index.php/project/chest_of_drawers? [L]
RewriteRule ^komody_na_zakaz/$ /index.php/project/chest_of_drawers? [L]
RewriteRule ^3d_risunok_chpu_na_zakaz$ /index.php/project/chpu? [L]
RewriteRule ^3d_risunok_chpu_na_zakaz/$ /index.php/project/chpu? [L]
RewriteRule ^fasady$ /index.php/project/facade? [L]
RewriteRule ^fasady/$ /index.php/project/facade? [L]
RewriteRule ^kontakty$ /index.php/contact/contact? [L]
RewriteRule ^kontakty/$ /index.php/contact/contact? [L]

Жду решения вопроса.

Тут 2 вопроса или как? Чтобы ссылки были красивыми изучите "микроразметки schema.org". Ищите в поиске "Как установить микроразметки pr-cy" , там в результате из 2019 года подробно описано как это делается, хотя тут помощь программиста не было бы лишним если не разбираетесь. 

Микроразметкой schema.org можно изменить url без дублей в поисковой системе?

Ответ так и не дали