Вывести из под АГС

Одна из явных причин. Текст новостей входит почти целиком в их анонс. В итоге новость дублируется в основном списке новостей(и на его страницах), и в списке новостей категории в которую новость входит, и потом еще раз при доступе к архиву по дням.(хорошо что хотя бы для архива по месяцам так не сделано ). И еще раз новости дублируются в правом сайдбаре.

По моему опыту избавления от этих дублей будет достаточно чтобы вывести из под АГС(если нет других причин ).
Как избавиться от дублей, есть несколько методов:
1. закрыть от индексации дублирующие страницы(архивы, категории, главная)
2. закрыть от индексирования только текст новостей на дублирующих страницах
3. отдавать в анонс новости только малую ее часть
4. написать анонсы для новостей

Просто взять в ноиндекс?

По словам яндекса они не индексируют текст в этом теге( но просматривают). Так что есть место для сомнения. С моими сайтами было или не до экспериментов и тогда сразу 1+3 или было жалко тратить время.

И несколько недель уйдет на переиндексацию и снятие фильтра когда яндекс увидит что число дублей снизилось.

нет, в robots.txt закрыть тегом Dofollow
Категории я бы не закрывал. На них можно больше всего трафика собирать

Disallow: /category

Когда яндекс решает изза дублей оставить в индексе 5-15 страниц много трафика собрать не получиться.