Обнаружены нарушения или проблемы с безопасностью?

Может быть причина в том что сайт является торрент трекером ?

Ахахахх. Мдааа. Сам же ответил на вопрос

Ну... может быть и вторая причина: Обозначенная Яндекс.

Поищите чужеродный код, сравните даты обновлений, прогоните антивирь.
Возможно, вас просто "втихую" взломали и "подсадили" скритик. Который, кстати, не увидел даже google.
Месяц назад отловил гада... три года яндекс мне писал, я игнорировал - не видя в упор изменений. Нашел... черт его дери. Скромная строка с jamp в незамеченную мной папку где-то на задворках дистрюбитива. Даже - с измененной датой.
Часто Яша врет, но не всегда. Я бы проверил. Нашел по дате изменения, прогон антивирем - ничего не дал.

Если трекер... ну, эт я не знаю, трекеров нет в активе.

Да с google проблем не было, и нет страницы за час в поиск залетают.
Попробую про сканировать.

Поищит вдумчиво. Сравните размер файлов (скрипт в пару байтов не укроешь).
Попробуйте rescan.pro Мне - подсказал имя скрипта, я своего "червяка"-таки нашел с его помощью и раздавил.
Впрочем, штука тонкая, у всех по-разному. Может и взаправду слово "трекер" возбудил Яшу :) Он... маньячный.

у меня тоже на одном из сайтов такая тема была, в яше проблема, в гугле все норм, даже разбираться не стал, отправил запрос на перепроверку, прошло два дня и все норм))))
Но советы выше дельные

Бывает, что и ошибается. Лучше-таки - перестраховаться. Мне вот "подсадили" миралинкс. Забавно, но нерабочий был скрипт, поэтому (в том чмсле) долго не мог найти, никак не проявлялся и "камуфляж" неплохо "слепили", гады, засунув "потроха" в ipb, в там "потрохов" - черт голову сломит.
А при желании взломать-то всё что угодно можно. Большом желании :)

Можно попробовать еще - поискать характерные для "взлома" ключи - тоталкоммандером, что-то типа - miralinks, linkfeed, sapa, decode64 (погуглить можно полный список). Иногда помогает.

Перейдите в пункт Подробнее, что там пишет. Скорее одно из двух: дорвей или малополезный контент.