Да наверное вопрос в том, по какому поводу ссылка. Если вы чужой материал себе на сайт скопировали - наверное индексируемую все-таки надо поставить и предварительно согласие владельца сайта на копирование получить...Потому что если "без согласия" - раскошелится в конечном итоге возможно придется вам. Если вы цитируете одну фразу из чужого материала и хотите, чтобы полностью материал можно было прочесть на другом сайте - на ваше усмотрение.... Если у вас каталог - ссылки лучше закрывать и т.д. Наверное надо уточнить, о каких ссылках речь.
Ярослав, про внутренние ссылки. Заходите в Гугл. Читаете про внутреннюю перелиновку. Там все доступно написано. Если у вас задача внутренними ссылками продвинуть определенные страницы или это согласуется со стратегией вашего продвижения - то закрывать их не надо. Но телепатов тут нет. Никто не видит ни вашего сайта, не знает, каким страницам надо придать вес и т.д. , никто не знает, сколько у вас страниц, сколько ссылок и т.д. Это знаете только вы. И вы сами должны определить, как целесообразнее распределять вес внутренними ссылками внутри сайта. Про внешние - свое мнение я написала выше.