Чем сейчас закрывают ссылки от индексации поисковиками ?

Яндекс, как и Гугл учитывает rel="nofollow", так что noindex, это действительно прошлое!

rel="nofollow" нужно прописывать к каждой ссылке отдельно, или можно целому блоку такой тег дать?

К каждой ссылке, но это мое личное мнение, возможно кто-то мыслит иначе.

Только каждой ссылке. Или всей странице ))

Самое надежное- написать скрипт для интарпритации url в редирект.
Ну и сам редирект, вроде элементарного
<?
if(preg_match('~(http|https|ftp)://.{5,}~si', $_SERVER['QUERY_STRING'])){
header("HTTP/1.1 404 Not Found");
print 'Сейчас вы перейдете вот туда: '.$_SERVER['QUERY_STRING'].'';
}
else{
header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");
header('Location: http://'.$_SERVER['HTTP_HOST']);
}
?>

А если я хочу закрыть от Я, но для Г оставить ссылку?

Тогда только

То только

Блин Режет текст Если для гугла не закрывать, то только НОИНДЕКС

НОИНДЕКС по данным из ГГЛ не учитывается Яндексом ???

По данным ГГЛ Учитываются все исходящие ссылки, даже на ваши поддомены и счетчики. Для ГГЛ Ноиндекс не кактит, только Нофоллов, и то если оптимизатор укажет что не учитывать Нофоллов.