Исчезают страницы с поиска в яндекс вебмастер.

С выдачи поиска Яндекса или с панели Яндекс вебмастера?
"Поиска яндекс вебмастера" не существует.
Ну а вообще, из поиска исчезают, потому что вылетают из индексации.
Из яндекс вебмастера, по разным причинам. Например, робот решил что нет смысла их загружать и удерживать.

Страницы в поиске (яндекс вебмастер) было 508 через дня два 500 сегодня 493

Смотрите какие страницы исчезли. А там и поймёте почему. Если это проходные, дубли, пустышки, не существующие - то нормальная ситуация. Если это "правильные" страницы, то уже смотреть конкретно причину. Может ПФ на них отвратительный, может переспам, может ещё один из сотни факторов.

Спасибо, а как я узнаю какие именно страницы исчезли?

Вы можете посмотреть какие страницы загружены роботом и какие из них в индексе и сопоставить. В вебмастере есть структура сайта.

Спасибо большое, разобрался немного.

Яндекс Вебмастер / индексирование / исключенные страницы

В исключенных страницах не всегда показаны страницы, которые были выброшены из индекса из-за дублирования. Если вы сложите исключенные страницы со страницами в индексе это не будет ровняться с количеством загруженных...

количеству загруженных...