Ссылки с других сайтов на файлы pdf. Это хорошо или плохо?

Плохого точно ничего нет, а вот активную ссылочку в начале документа поставить надо ;-)
А как Вы редирект на скачивание ПДФа хотите поставить?

Сделал так:
RewriteEngine on
#если _не_ пустой HTTP заголовок Referer браузера зашедшего
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^$

#если пришли и _не_ с сайта http://mysite.ru
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://(www.)?mysite\.ru/.*$ [NC]

#и _не_ с странице, например free-gif.html - любого домена
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !.*/free-gif\.html$

#определяем для каких объектов правила - запрещаем скачивать
#следующие файлы - расширения .jpg,.gif,.png,.css,.mov,.swf,.exe,
#.rar,.avi,.vob,.zip посетителю, скачивающему наши файлы по ссылке
#расположенной не на нашем домене (или не на странице free-gif.html
#любого домена) - сервер выдаст, когда нажмем по ссылке скачать -
#Forbidden - #You don't have permission to access /passwd12.zip
#on this server.
RewriteRule .(pdf|jpg|gif|png|css|mov|swf|dcr|exe|rar|avi|vob|zip)$

http://mysite.ru/nodownload/ [R=301,L]

Нужно узнать, не разозлятся ли ПС на такой редирект. Нужно конечно посмотреть, но скорее всего, Ваш редирект превратится в отказы