Выпавшие страницы

Первым делом интересует, партнерка на поддомене или на самом сайте? Кстати почему не написать в Яндекс и не спросить почему и как?

партнёрка на сайте

Это нормальное явление для сайтов-партнерок. У самого было раньше несколько сайтов такого типа. В яндексе то прыгало вверх, то вниз и в итоге везде по 1 странице осталось.
Просто представьте себе что такие партнерки ставит не 1 вебмастер, а 100-ни и даже тысячи. В итоге получаем тысячи сайтов с одним содержимым.
Так что писать в поддержку яндекса или гугл, просто бесполезно и нет никакого смысла. Равносильно поставить партнерку плати.ру или темплатемонстер и после АГС требовать от владельцев ПС, почему мой сайт попал под фильтр, верните обратно. Зачастую даже были случаи когда сами разработчики площадок попадали под фильтры, т.к. контент на сайте однотипный как под копирку, даже дизайн не меняют в 99% случаев.

но он не попал в аффилированные сайты в отличии от второго сайта где такой же магазин стоит

У меня такая же ерунда была, написала Платону, вот ответ:

Проанализировав страницы Вашего сайта, наши алгоритмы приняли решение временно не включать его в поиск. На решение алгоритма может оказать влияние наличие страниц, предназначенных для робота-индексатора, а не для чтения пользователями, наличие SEO-ссылок, размещение неуникальной информации и другие факторы.
Данные санкции не накладываются навсегда. Продолжайте развивать и наполнять Ваш сайт уникальной и полезной информацией. При его развитии рекомендуем ориентироваться на пользователей, а не на поисковые машины.
Когда сайт по совокупности факторов станет достаточно качественным, его страницы смогут вернуться в поиск.

P.S Думаю и Вам так ответять!

100% также. Стандарт ответ.

Кстати по поводу вопроса о заработке на таких сайтах. В принципе можете не удалять если он Вам никак не мешает и на сайте есть хоть какой-то трафик. Если так, то хотя бы как минимум годовое обслуживание домена окупите на сайте с трафом гугла. А там уже как пойдет, может и вполне хорошая прибыль идти если по запросам сайт в топе гугла.
У меня по крайней мере на 2 сайтах-партнерок, 1 принес примерно около 100$ за год, 2-й более 400$ (на втором просто кроме партнерки был еще сам сайт, а не только партнерка). По крайней мере за вложенные 100р\год (оплата домена), считаю это отличным результатом.