Подскажите

Да, это будет дубль. forum.site.ru считается другим доменом поисковиками.

Нужно закрывать от индексации,чтобы потом не было неправильной склейки

а forum.site.ru не закроется от индексации ведь он читает все с директории site.ru/forum на хостинге?

301 редирект поставь с одной на другую и пусть себе склеивается.. но поисковики дубли не глоотают

а .htaccess отдельный создавать для site.ru/forum для редиректа? просто в site.ru в .htaccess прописывал но все равно открывает два отдельных сайта site.ru/forum и forum.site.ru, т.е не перекидывает

Создай отдельный если так проще (я не представляю как у тебя там все организованно) главное результат - чтоб перекидывало на один адрес.

причем нужно правильно выбрать на какой перекидывать (если на суб то траст основного домена будет меньше влиять на этот самый суб чем на директорию)

+ поисковики будут рассматривать субдомен как отдельный сайт
+ при этом учти возможные колебания в выдаче поисковиков если раскрутка велась.

в общем случае я бы кидал на директорию. и абсолютно пофигу каким способом =) и сколько там этих хтассес

Благодарю.