Как сделать ссылки на тематические страницы

это называется перелинковка. Если я вас правильно понял

обычно, как всегда делается

Да мне надо чтоб дапустим зашел пользователь на страницу с поисковой системы. взять запрос который он вводил в пс. потом этим запросом произвести поиск только по моему сайту и вывести внизу страницы 5 или десять результатов! Т.е . найти похожие темы на моем сайте и вывести в конце этой страницы

Получить текст поискового запроса, по которому пришел пользователь, можно из HTTP_REFERER (в PHP $_SERVER['HTTP_REFERER']). А вот как потом найти похожие страницы -- сильно зависит от того, на чем твой сайт работает (и умения программировать), в общем виде ответить крайне сложно.

если есть система тегов на сайте, то выводить статьи с такими же тегами, например.

заказывайте скрипт у программера, он должен сделать такое.