ИДея "меток" (тегов), в принципе, неплоха. Можно обзначить ее как: "Поиск для ленивых и безграмотных"
Всесто того, что бы - вбить в "Поиск сайта" нужный ключевой запрос - предлагается его выбрать (раз нет азов средней школы для грамотного написания слова или словосочетания).

Поиск "по тегам" дублирует контент. Обычно его "закрывают" от индексации в robots,txt нужными директивами.
Поскольку "теги" не помогают индексации сайта, а убивают сайт генерацией дубле-мусора (если не принять соответствующие меры), то про "влиянии на индексацию" - говорить можно только в негативном ключе.
А ограничений у этой "фенечки" нет. Как нет в ней и смысла. Ни малейшего.

Имхо, "теги" - спонсор идиотизма, учитывая рост паталогического маразма в среде пользователей Интернет.
Мое личное оценочное мнение.