Вирус на сайте

Сканер avast

Как могли заменить этот js на сервере?

Как угодно, начиная от доступа к сайту (админка, фтп), шелом, дырами в самом движке, модулях и т.д.

если понимаешь js прочитай фаил, если нет сканер, но он от проблем не спасает

Какого рода вирус? Посмотрите последнюю строку файла, если она содержит что то типа |цифры|, то нужно ее удалить, по ftp больше не заходить, обычно так и все остальные файлы заражаются. Может поможет)))

По ФТП заходить можно, пароль в нем сохранять не нужно (в проге для ФТП). Это важно!

Подключаете бэкапы с антивирусом на https://w.tools.
И в случае изменений в потенциально опасных файлах получаете уведомление да лечите откатом в один клик или на автоматике.
При желании, там же и защиту настраиваете или заказываете. Такое ломали не через ФТП, а через дыры в CMS, будет повторяться постоянно.

А bootstrap.min.js, скорее всего, у вас был стандартным и можете попробовать скачать оригинал соответствующей версии да заменить им. Но, возможно, это не единственный проблемный файл. Avast не для того предназначен, поэтому специализированный антивирус может показать больше.